دانشكده علوم پایه دانشگاه آزاد اسلامي واحد شهرقدس در ضلع جنوب شرقی دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرقدس و در سازه­ای به مساحت 4500 متر مربع در 3 طبقه واقع شده است. فضای آموزشی این دانشکده شامل 28 کلاس درس، دفتر مجله نانوشیمی و سالن کنفرانس می ­باشد. این دانشکده در حال حاضر 31 عضو هیات علمی دارد که از این تعداد 1 نفر با مرتبه استادی، 3 نفر با مرتبه دانشیاری، 24 نفر با مرتبه استادیاری، 3 نفر با مرتبه مربی می باشند. گروه ­های آموزشی دانشکده متشکل از گروه بیوشیمی، شیمی (محض و کاربردی)، زیست­ شناسی عمومی، علوم جانوری و زیست ­شناسی سلولی مولکولی (میکروبیولوژی) در مقطع کارشناسی و شیمی آلی، شیمی تجزیه، بیوشیمی، نانوشیمی، میکروبیولوژی، علوم سلولی و مولکولی، فیزیولوژی جانوری، فیزیولوژی گیاهی، بیوشیمی گیاهی و فیزیک-حالت جامد در مقطع کارشناسی ارشد و میکروبیولوژی و فیزیک- حالت جامد در مقطع دکتری می­ باشد. ارائه کلیه دروس ریاضی و فیزیک برای تمامی رشته گرایش ها در این دانشکده انجام می ­شود.